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Les collections du Muséum de Toulouse comptent environ deux millions et demi de pièces sur 3000 m2 de salles d'expositions.

Le visiteur est accueilli par la reconstitution d'un squelette de quetzalcoatlus, le plus grand reptile volant connu (plus de douze mètres d'envergure), ainsi que par un éléphant d'Asie naturalisé. Place à une déambulation progressive pour suivre l'histoire de la vie.

Outre la paléontologie et la préhistoire, les collections sont réputées dans plusieurs domaines : en ornithologie, grâce aux 4 500 spécimens d'oiseaux des zones tempérées et des régions paléarctiques de Victor Besaucèle - parmi les plus beaux fonds européens ; en ethnographie, avec notamment des séries océaniennes remarquables

Le jardin botanique du museum permet au public de redécouvrir la vie des plantes , d'explorer les relations unissant monde végétal et monde animal (incluant l'homme) et d'observer les phénomènes démontrant l'unité du monde vivant.
Les serres de présentation, d'une surface avoisinant les 300 m2, abritent entre autres curiosités les plantes sans contact direct avec le sol, les plantes-cailloux, les cactiformes, les lianes, ou encore, dans leur très grande variété de mode de capture de proies, les plantes carnivores.

Aux Jardins du Muséum*, les visiteurs découvriront un cadre naturel exceptionnellement préservé en milieu urbain. : un étang protégé, une zone d'interprétation de " la nature en ville " et de recherche ( 2,5 ha) et le jardin des Potagers du Monde ( 7500m2) montrant comment l'homme cultive et se nourrit. selon les régions du monde.

* Jardins du Muséum : à la Maourine, dans le quartier de Borderouge.